Ön Muskö är beläget cirka femtio minuter söder om Stockholm och var bebodd redan på forntiden. Om detta skvallrar bland annat det gravfält med runt 15 högar
beläget en bit från Arbottna herrgård. Vi lämnar dock den tidigaste historien och förflyttar oss till 1500-talet. Fram till Gustav Vasa hade Muskö lytt under kyrkan men i samband med reformationen tog staten hand om Muskö och alla öns gårdar blev kronogods. Den största av gårdarna var Arbottna som Drottning Kristina år 1638 lät övergå till Gustav II Adolfs halvbror Karl Karlsson Gyllenhielm. Karl Karlsson Gyllenhielm lät uppföra en ståtlig säteribyggnad, något som var villkorat för att erhålla skattefrihet under stormaktstiden.
Efter familjen Gyllenhielm följde familjen Bååt, men i slutet av 1600-talet drogs Arbottna åter in av kronan och gårdens huvudbyggnad av trä brändes ned av ryssarna under rysshärjningarna år 1719. Därefter stod gården under femtio år utan mangårdsbyggnad och den såg flera ägare innan Adolf Ludvig Levin år 1769 klev in i handlingarna. Levin var en förmögen borgare och handelsman från Stockholm och han köpte större delen av Muskö och lät uppföra såväl Arbottna som Ludvigsbergs herrgård.
Adolf Ludvig Levin gjorde båda herrgårdarna till fideikommiss vilket Arbottna fortsatte att vara fram till år 1917. Således efterlämnade Levin fastigheten till sina tre yngsta söner. Levins yngste son, Fredrik, tillträdde Arbottna år 1807 och utökade under sin tid gården. År 1818 övertogs gården istället av Adolf Vilhelm Levin och under hans tid fanns en mängd byggnader på gården, bland annat en huvudbyggnad och två flyglar, stall, hönshus, trädgårdskammare, redskapsbod, smedja, badstuga, två logar och en slöjdbod.
På 1870-talet hette ägaren Johan Malcom Levin och han lät bygga ut huvudbyggnaden. Huset fick under hans tid den stil som det än idag har, svensk nybarock. Kring sekelskiftet 1900 gick det utför för familjen Levin, man hade inte den ekonomisk förvaltning som behövdes och George Levin kom att bli den sista fidekommissarien till Arbottna. Han tvingades att sälja ut stora delar av området år 1916 och detta kom att leda till att området året efter avvecklades som fideikommiss.
Efter familjen Levin trädde riksdagsman Klas Malmborg in på Arbottna och använde det som landställe. Hans son sålde under 1950-talet egendomen till Fortifikationsverket då man planerade Musköbasen. Fortifikationsverket innehade herrgården till år 2010 och under statens tid förklarades Arbottnas huvudbyggnad och kvarstående västra flygelbyggnad som statligt byggnadsminne men lagskyddet upphävdes redan år 2012. Huvudbyggnaden och kringbyggnaderna arrenderades ut under Fortifikationsverkets tid och när verket sedan lämnade säteriet och herrgården förvärvades de av företaget Drömgården som vill förvandla herrgården till ett ekologiskt lantbruk. Man tänker även att man ska uppföra boenden i ett större och ett antal mindre bostadshus.
Många stockholmare har aldrig varit på Muskö, ett namn omgivet av rykten och hemlighetsmakeri tack vare den militära närvaron som ön sett under lång tid.
Musköbasen är inte längre lika hemlig men anläggningen är stor. Så stor att hela Gamla stan i Stockholm skulle få plats i dess bergrum.